Turskite osvojuva~i ne se naselile masovno vo Struga, kako {to postapile vo Bitola i vo Ohrid. Vo gradot tie smestile samo eden, verojatno mal, voen garnizon za da gi dr`i `itelite vo pokornost. Makedoncite ostanale i natamu mnozinstvo i vo gradot i vo okolinata. Tie bile dol`ni, kako i site drugi, da pla}aat semo`ni turski danoci; da gi snabduvaat osvojuva~ite so ribi, so zemjodelski i sto~arski proizvodi ({to im bile odzemani isto taka vo vid na danok vo natura ili, pak, bile otkupuvani vo vonredno niski ceni). Feudalnata eksploatacija bila postojan tovar vrz grbot na hristijanskoto naselenie. Brojot na muslimanite po~nal da se zgolemuva vo Struga duri od vtorata polovina na 16-tiot vek.

      Od toj period se po~esto se sre}avaat razni dokumenti vo koi{to se spomenuva Struga, a i nejzinata neposredna okolina. Od nekolku takvi dokumenti, izdadeni od centralnite i od lokalnite turski vlasti, mo`e da se utvrdi deka stru`ani uspeale od turskiot sultan da dobijat dozvola za gradba na nova crkva, verojatno vrz temelite na nekoja u{te postara, od Klimentovoto vreme. A dobivawe na sli~na dozvola ne bilo lesna rabota.

      Vo 1590 godina Makedoncite izgradile vo Struga hram posveten na "Svetiot velikoma~enik \or|ija". Vo prostoriite na taa nova crkva monahot Viktor go prepi{al crkovniot zakonik (Nomokanon) na makedonski. Vo zapazeniot dokument e podvle~eno deka Viktor ja zavr{il taa rabota vo crkvata "u Ezeru ... u Strugah". Vo istata crkva nekoe vreme bil rakovoditel protopopot Bo`idar, inaku neposredno pot~inet na ohridskiot arhiepiskop. I vo toa vreme na te{ko ropstvo, Struga ostanala va`no versko sredi{te. Gradot imal pove}e sve{tenici. Toa mo`e da se zaklu~i i od eden podocne`en dokument - Zografski pomenik, vo koj{to se nabrojuvaat trojca dariteli od Struga, dvajca od koi bile duhovnici: jerej Projko, monah Spiridon i Stanko. Crkvata Sveti \or|ija stanala vlijatelno `ari{te na prepi{uva~ka, a mo`ebi i na originalna, kni`evna dejnost.

      Vo istiot period, blagodarej}i na pogodnata geografska polo`ba na patot Bitola-Ohrid-Elbasan, Struga se razvivala i vo drugi pravci. Taa e ve}e va`no soobra}ajno raspa}e i razdvi`en trgovski centar, so bogat `iten pazar i so golem karavansaraj na patot kon albanskoto krajbre`je. Ovaa vistina ja potvrduva i Bernardoviot patopisec vo 1591 godina. Trgovcite go izvezuvale `itoto so karavani duri do Le{, vo Albanija. Bernardoviot patopisec tvrdi deka sretnal karavan od 500 kowi so `ito za Elbasan i Tirana, kade `itoto bilo prodavano po 4 zlatni taliri, dodeka vo Struga negovata cena dostignuvala do 2,5 taliri.

      Od toj vek se spomenuva i Stru{kiot pana|ur, {to privlekuval trgovci od site krai{ta na Albanija i Makedonija, a i od drugite oblasti na Osmanliskoto carstvo. Pana|urot trael pove}e od deset dena. Trgovcite mo`ele da prodadat razni stoki, a i da kupat zemjodelski, ribarski i sto~arski proizvodi. Pana|urot ovozmo`uval naselenieto vo gradot i vo selata stopanski da zajakne. Takvata polo`ba se odr`ala se do pojavata na masovno razbojni{tvo vo ovie predeli.

      Iako izgradena vo 16-tiot vek, crkvata Sveti velikoma~enik \or|ija u{te ne bila celosno zavr{ena (vnatre{nite prostorii odredeni za bogoslu`ba). Verojatno ne bile izraboteni ni ikonostasot ni yidnoto (fresko) slikarstvo. @itelite od gradot i od okolinata ja spomo`uvale izgradbata na crkvata vo granicite na mo`nostite. Spored eden dokument od 1618 godina, nekolkumina `iteli na Struga: Cvetko i `ena mu Stana, Trifon, Angel, Bojko, Dafina i \ur|a - mo`ebi ~lenovi na edno semejstvo - i podarile na crkvata ikona so likot na Sveti Todor Stratilat. Taka postapuvale i drugi gra|ani.